1. Главные управления Федеральной службы исполнения наказаний
1.1. Группа организационно-штатной работы.
1.2. Группа по соблюдению прав человека в уголовно-исполнительной системе.
1.3. Юридическая служба.
1.4. Группа по организации мобилизационной подготовки и гражданской обороны.
1.5. Экспертная группа по вопросам безопасности.
1.6. Управление собственной безопасности.
1.7. Отдел документационного обеспечения и архивной работы (Секретариат).
1.8. Отдел по защите государственной тайны.
1.9. Контрольно-ревизионный отдел (отделение).
1.10. Регионально-аналитическая группа (создается в территориальных органах, функционирующих в центрах федеральных округов).
1.11. Организационно-аналитический отдел.
1.12. Пресс-служба.
1.13. Ветеринарная служба.
1.14. Кустовая инспекция технического надзора.
1.15. Оперативное управление.
1.16. Управление режима и надзора.
1.17. Отдел (отделение) организации исполнения наказаний, не связанных с изоляцией осужденных от общества.
1.18. Отдел (отделение, группа) исполнительной и постпенитенциарной пробации.
1.19. Отдел (отделение) специального учета.
1.20. Отдел организации службы охраны.
1.21. Отдел (отделение) инженерно-технического обеспечения, связи, информатизации и вооружения.
1.22. Отдел кадров.
1.23. Отдел (отделение, группа) профессиональной и служебной подготовки.
1.24. Отдел (отделение, группа) воспитательной и социальной работы с личным составом.
1.25. Отдел (отделение) организации работы по профилактике коррупционных и иных правонарушений (Инспекция по личному составу и профилактике коррупционных правонарушений).
1.26. Отдел (отделение) воспитательной, социальной работы с осужденными и пенитенциарной пробации.
1.27. Психологическая служба.
1.28. Межрегиональный отдел психологической работы (создается в ГУФСИН России по Красноярскому и Приморскому краям, Ростовской и Свердловской областям).
1.29. Главная бухгалтерия.
1.30. Финансово-экономический отдел (отделение).
1.31. Отдел (отделение) организации оплаты труда.
1.32. Отдел (отделение) пенсионного обеспечения.
1.33. Отдел тылового обеспечения.
1.34. Отделение (группа) государственного оборонного заказа и государственных закупок.
1.35. Отдел (отделение, группа) капитального строительства и ремонта.
1.36. Отдел (отделение, группа) трудовой адаптации осужденных.
1.37. Отдел (отделение, группа) по обеспечению энергетическими ресурсами.
1.38. Инспекция по охране окружающей среды и технике безопасности.