Не действует с 1 марта 2027 г.
Приложение
Таблица № 1. Критерии эффективности методики идентификации ГММ
| № | Характеристика | Описание характеристики | Критерий | Методы оценки критерия |
| 1 | Специфичность ПЦР | Способность ПЦР-тест-системы выявлять только целевую ДНК. | ПЦР-тест-система должна выявлять целевую ДНК. ПЦР-тест-система не должна давать ложноположительных результатов, в том числе выявлять ДНК близкородственных и неродственных биологических видов в 100% проводимых исследований. | Для оценки специфичности используются контрольные панели образцов. В состав панели должны входить образцы, содержащие целевую ДНК и не содержащие целевую ДНК. |
| 2 | Чувствительность ПЦР | Наименьшее содержание копий целевой ДНК, которое может быть определено с использованием ПЦР-методики, в зависимости от свойств используемых праймеров и зондов | Чувствительность должна быть не ниже 100 копий целевой плазмидной ДНК в одной ПЦР | Проводятся исследования ряда десятикратных разведений целевой плазмидной ДНК с известной концентрацией в двух повторах каждое. Определяется максимальное разведение, при котором ДНК воспроизводимо выявляется (в двух повторах) |
| 3 | Эффективность ПЦР | Прирост матрицы на каждом цикле амплификации. | Эффективность ПЦР должна быть не ниже 90%. Это соответствует значению наклона линейной области зависимости Ct от логарифма концентрации ДНК матрицы (slope): не ниже - 3,6 (приемлем диапазон slope 3,1 - 3,6) | Для оценки эффективности ПЦР проводится амплификация с рядом десятикратных разведений целевой плазмидной ДНК (пункт 2 настоящей таблицы) в двух повторах каждое. По результатам амплификации строится график зависимости Ct от логарифма концентрации ДНК матрицы. Определяется наклон линейной области (slope). Эффективность ПЦР оценивается по уравнению: Е = [10 (-1 / slope)] -1, в идеальном случае - при удвоении количества ПЦР продукта за один цикл: Е = 100%, (slope = -3,32) |
| 4 | Предел обнаружения ПЦР-тест-системы (LOD) | Минимальное количество биологического искомого объекта в исследуемом образце, которое может достоверно обнаружить данный метод | Чем меньше искомого биологического объекта способен выявить метод, тем выше его чувствительность. Предел обнаружения ПЦР-тест-системы (LOD) должен составлять не более 0,1% | Готовится ряд модельных образцов с разным содержанием целевой матрицы. Готовятся образцы целевого ГММ ингредиента (от 5 до 0,001% содержания) в соответствующей матрице. Приготовленная панель исследуется с использованием ПЦР-методики. Определяется минимальное содержание ГММ-ингредиента в тотальной ДНК организма, при котором ГММ воспроизводимо выявляется (в десяти повторах) |
| 5 | Предел количественного определения (LOQ) | Наименьшее количество (концентрация) вещества в образце, которое может быть количественно оценено с использованием методики с требуемой правильностью и внутрилабораторной прецизионностью | Предел количественного определения (LOQ) должен быть не более 0,1%. На пределе чувствительности относительное стандартное отклонение (RSD) не должно превышать 20%. Истинное значение измеряемой величины должно входить в полученный при измерениях доверительный интервал | Исследуются 10 повторов 0,1% ГММ-стандарта по ПЦР-методике. Рассчитывается среднее значение содержания ГММ в образце и относительное стандартное отклонение (RSD). Рассчитанное стандартное отклонение (RSD) сравнивается с критерием 20%. Также оценивается, входит ли истинное значение в доверительный интервал полученного среднего значения |
| 6 | Аналитическая область | Интервал определяемых аналитических характеристик, в котором получаемые результаты имеют приемлемый уровень правильности и прецизионности, приемлем диапазон 0,1 - 5% | Диапазон 0,1 - 5% ГММ экспериментальных данных должен удовлетворять линейной модели (пункт 7 настоящей таблицы) | Проводятся исследования образцов с различным содержанием ГММ. Оценивается линейность зависимости аналитического сигнала |
| 7 | Линейность | Наличие линейной зависимости аналитического сигнала в анализируемой пробе в пределах аналитической области методики. Оценивается как коэффициент корреляции R2, определяющий верность модели линейной зависимости Ct от логарифма концентрации калибровочных образцов | Коэффициент R2 для калибровочных образцов должен быть не менее 0,98% | Исследуются в двух повторах 0,1%, 1,0% и 5% калибровочные ГММ-стандарты по ПЦР-методике. Строится калибровочная прямая (dCt от lgC), оценивается коэффициент корреляции данных С линейной зависимостью (R2) |
| 8 | Правильность | Отклонение среднего результата определений, выполненных с использованием методики, от значения, принимаемого за истинное | Методика дает корректные результаты, если значения, принимаемые за истинные, лежат внутри доверительных интервалов соответствующих средних результатов анализов, полученных экспериментально по данной методике | Готовятся образцы из калибровочных ГММ-стандартов 0,1%, 1,0% и 5% с добавлением матриц различного происхождения путем смешивания указанных стандартов с другими ингредиентами (сухим молоком, мясным фаршем, рыбной мукой). Образцы исследуются по ПЦР-методике в двух повторах. Оценивается, входит ли истинное значение в диапазон погрешности полученного среднего значения для каждого образца |
Таблица № 2. Критерии эффективности методики полногеномного секвенирования
| Этап анализа | Характеристика | Описание характеристики | Критерий |
| Подготовка библиотеки для секвенирования | Концентрация геномной ДНК | Не менее 0,2 нг/мкл | |
| Подготовка библиотеки для секвенирования | Размер фрагментов ДНК | Распределение фрагментов по длинам устанавливается электрофоретически | Распределение в диапазоне 250 - 1000 п.н. Максимум распределения - 300 - 500 п.н. |
| Проведение массового параллельного секвенирования | Распределение качества идентификации нуклеотидов | Q=-l0logl0р, где р - вероятность неправильного определения | Q>20, то есть вероятность ошибки не более 0,01 |
| нуклеотида | |||
| Среднее качество прочтения | Q>25 | ||
| Служебные последовательности | Наличие служебных последовательностей (адаптеров, индексов) в прочтении | Должны отсутствовать | |
| Покрытие чтения | Число чтений, содержащих определенный нуклеотид последовательности генома | Не менее десятикратного покрытия | |
| Представленность нуклеотидов в каждом цикле | Максимальное отклонение между А и Т или G и С | Не более 20% в любой позиции | |
| GC-состав на прочтение | Сумма отклонений от ожидаемого распределения | Не более 30% прочтений |